Introduction : arrêt maladie et subrogation, des mécanismes complexes mais essentiels
La gestion de l’arrêt maladie en paie est l’une des opérations les plus complexes pour les gestionnaires de paie. Elle implique de maîtriser simultanément le calcul des indemnités journalières de sécurité sociale (IJSS), le mécanisme de la subrogation, le maintien de salaire employeur (légal ou conventionnel), et les impacts sur les cotisations sociales et le plafond de la sécurité sociale.
Le BOSS (Bulletin Officiel de la Sécurité Sociale) apporte des précisions déterminantes sur ces sujets, notamment sur la réduction du plafond en cas de subrogation et le maintien de la protection sociale complémentaire (PSC) pendant la suspension du contrat de travail. Ce guide vous accompagne dans la gestion complète d’un arrêt maladie en paie en 2025.
Le délai de carence et le calcul des IJSS
Le délai de carence de 3 jours
En cas d’arrêt maladie ordinaire, la sécurité sociale applique un délai de carence de 3 jours pendant lequel aucune IJSS n’est versée. Ce délai court à compter du premier jour d’arrêt prescrit par le médecin. Les IJSS sont versées à partir du 4e jour d’arrêt.
Exceptions au délai de carence :
- Arrêt maladie pour affection de longue durée (ALD) : le délai de carence ne s’applique qu’au premier arrêt
- Accident du travail et maladie professionnelle : pas de délai de carence, les IJSS sont versées dès le lendemain de l’arrêt
- Maternité : pas de délai de carence
L’employeur peut être tenu de compenser ce délai de carence en fonction des dispositions de la convention collective applicable. De nombreuses conventions prévoient un maintien de salaire dès le 1er jour d’arrêt, supprimant ainsi l’effet du délai de carence pour le salarié.
Le calcul des IJSS maladie
Les IJSS maladie sont calculées selon la formule suivante :
IJSS = 50 % du salaire journalier de base (SJB)
Le salaire journalier de base est calculé sur la base des 3 derniers mois de salaire brut précédant l’arrêt, dans la limite de 1,8 SMIC mensuel.
En 2025, avec un SMIC mensuel brut de 1 801,80 € (sur la base de 35 heures), le plafond est de :
1 801,80 x 1,8 = 3 243,24 €
Le SJB est calculé ainsi : salaire des 3 derniers mois (plafonné) / 91,25 jours.
Exemple concret :
- Salarié avec un salaire brut mensuel de 2 800 € (inférieur au plafond de 3 243,24 €)
- SJB = (2 800 x 3) / 91,25 = 92,05 €
- IJSS = 92,05 x 50 % = 46,03 € par jour
Pour un salarié avec un salaire de 4 000 € (supérieur au plafond) :
- SJB = (3 243,24 x 3) / 91,25 = 106,63 €
- IJSS = 106,63 x 50 % = 53,31 € par jour (IJSS maximale)
La subrogation : l’employeur perçoit les IJSS à la place du salarié
Définition et principe de la subrogation
La subrogation est le mécanisme par lequel l’employeur se substitue au salarié pour percevoir directement les IJSS de la sécurité sociale. En contrepartie, l’employeur avance au salarié le maintien de salaire correspondant à la période d’arrêt.
Le BOSS précise que la subrogation est possible lorsque deux conditions sont réunies :
- L’employeur maintient tout ou partie de la rémunération pendant l’arrêt (obligation légale, conventionnelle ou volontaire)
- Le maintien de salaire est au moins égal au montant des IJSS sur la même période
La subrogation n’est pas obligatoire mais elle est très largement pratiquée car elle simplifie la gestion pour le salarié, qui perçoit un salaire régulier sans interruption.
Subrogation totale vs subrogation partielle
On distingue deux situations :
- Subrogation totale : l’employeur maintient l’intégralité de la rémunération (100 % du salaire brut) et perçoit les IJSS en remboursement. Le salarié ne subit aucune perte de salaire.
- Subrogation partielle : l’employeur maintient une partie seulement de la rémunération (par exemple 90 % ou 66,66 %) et perçoit les IJSS correspondantes.
La distinction est importante car elle a des conséquences sur le plafond de la sécurité sociale applicable.
L’impact sur le plafond de la sécurité sociale
La règle de réduction du plafond
Le BOSS apporte des précisions essentielles sur la gestion du plafond de la sécurité sociale en cas de subrogation :
- Si l’employeur maintient intégralement la rémunération (subrogation totale avec complément), le plafond n’est pas réduit. Le salarié est traité comme s’il était en activité normale.
- Si l’employeur verse uniquement les IJSS par subrogation (sans complément employeur), le plafond est réduit au prorata de la période d’absence. Les IJSS subrogées ne sont soumises qu’à la CSG/CRDS au taux réduit.
Cette distinction est fondamentale pour le calcul des cotisations plafonnées (retraite de base, Agirc-Arrco tranche 1) pendant la période d’arrêt maladie.
Exemple de réduction du plafond
Prenons un salarié absent tout le mois de mars 2025 (31 jours calendaires) avec un salaire brut habituel de 3 500 €.
Cas 1 : Maintien intégral du salaire
- L’employeur verse 3 500 € brut
- Il perçoit les IJSS par subrogation (environ 1 380 €)
- Le plafond SS reste à 3 925 € (pas de réduction)
- Les cotisations sont calculées normalement sur 3 500 €
Cas 2 : Subrogation des IJSS seules (sans maintien complémentaire)
- L’employeur verse uniquement les IJSS subrogées (environ 1 380 €)
- Le plafond est réduit : 0 € (absence totale du mois, pas de rémunération d’activité)
- Les IJSS sont soumises uniquement à CSG/CRDS au taux réduit (6,20 % CSG + 0,50 % CRDS)
Le maintien de salaire employeur : obligations légales et conventionnelles
Le maintien légal (loi de mensualisation)
En vertu de l’article L.1226-1 du Code du travail, l’employeur est tenu de compléter les IJSS pour les salariés justifiant d’au moins 1 an d’ancienneté dans l’entreprise. Le maintien s’effectue comme suit :
- Du 1er au 30e jour : 90 % de la rémunération brute que le salarié aurait perçue s’il avait travaillé
- Du 31e au 60e jour : 66,66 % (deux tiers) de la même rémunération
Ces durées sont majorées de 10 jours par tranche de 5 ans d’ancienneté, dans la limite de 90 jours à 90 % et 90 jours à 66,66 %.
Le maintien de salaire s’entend déduction faite des IJSS : l’employeur ne paie que le complément entre les IJSS et le niveau de maintien garanti.
Le maintien conventionnel
De nombreuses conventions collectives prévoient des dispositions plus favorables que la loi :
- Maintien à 100 % dès le 1er jour d’arrêt (sans délai de carence)
- Durées de maintien plus longues
- Conditions d’ancienneté réduites (6 mois, voire pas de condition)
Il est impératif de vérifier la convention collective applicable pour déterminer le niveau exact de maintien. En cas de dispositions plus favorables dans la convention, celles-ci prévalent sur le dispositif légal.
Exemple chiffré de maintien de salaire
Un salarié avec 3 ans d’ancienneté, un salaire brut de 2 800 €, en arrêt maladie du 1er au 28 février 2025 :
- Jours calendaires d’arrêt : 28 jours
- Délai de carence SS : 3 jours (IJSS à partir du 4e jour)
- IJSS journalière : 46,03 €
- Nombre de jours indemnisés par la SS : 25 jours
- Total IJSS brutes : 46,03 x 25 = 1 150,75 €
- Maintien à 90 % : 2 800 x 90 % = 2 520 €
- Complément employeur : 2 520 – 1 150,75 = 1 369,25 €
Sur le bulletin, figureront : les IJSS subrogées (1 150,75 €), le complément employeur (1 369,25 €), pour un brut reconstitué de 2 520 €.
Les cotisations sociales pendant l’arrêt maladie
Le traitement des IJSS subrogées
Les IJSS subrogées ne sont pas soumises aux cotisations sociales classiques. Elles sont uniquement soumises à :
- CSG au taux réduit de 6,20 % (au lieu de 9,20 % pour les revenus d’activité)
- CRDS de 0,50 %
L’assiette de la CSG/CRDS sur les IJSS est de 100 % du montant des IJSS (pas d’abattement de 1,75 %).
Le traitement du complément employeur
Le complément de salaire versé par l’employeur est soumis à l’ensemble des cotisations sociales dans les conditions de droit commun (cotisations salariales et patronales). Il entre dans l’assiette de cotisation au même titre qu’un salaire d’activité.
La protection sociale complémentaire (PSC) pendant l’arrêt maladie
Le BOSS précise que la protection sociale complémentaire (mutuelle et prévoyance) doit être maintenue pendant toute la durée de suspension du contrat de travail pour cause de maladie, dès lors que le salarié bénéficie d’un maintien de salaire (total ou partiel) ou d’IJSS.
Les cotisations de mutuelle et de prévoyance continuent d’être prélevées sur le bulletin de paie. L’assiette de ces cotisations est généralement calculée sur la base de la rémunération reconstituée (ce qu’aurait perçu le salarié s’il avait travaillé).
Ce maintien est une condition du caractère obligatoire et collectif du régime, nécessaire au bénéfice de l’exonération sociale des contributions patronales. L’interruption du régime pendant l’arrêt maladie remettrait en cause les exonérations pour l’ensemble du personnel.
La gestion pratique en logiciel de paie
Étape 1 : Saisie de l’absence
La première étape consiste à saisir l’absence maladie dans le logiciel de paie avec les dates précises de début et de fin d’arrêt. Le logiciel calcule automatiquement :
- La retenue pour absence (méthode des jours ouvrés, ouvrables ou calendaires selon paramétrage)
- Le délai de carence
- Les jours indemnisés
Étape 2 : Estimation et saisie des IJSS
En l’absence de retour de la CPAM (délai fréquent de 2 à 4 semaines), l’employeur doit estimer les IJSS pour établir le bulletin. Les logiciels de paie intègrent un moteur de calcul estimatif. Une régularisation sera effectuée à réception du décompte définitif de la CPAM.
Étape 3 : Calcul du maintien de salaire
Le logiciel applique les règles de maintien (légal ou conventionnel) et calcule le complément employeur en déduisant les IJSS (estimées ou réelles) du montant garanti.
Étape 4 : Régularisation
À réception du décompte définitif de la CPAM, le gestionnaire de paie régularise les éventuels écarts entre l’estimation et le montant réel des IJSS. Cette régularisation peut intervenir sur un bulletin ultérieur.
Les arrêts de longue durée : points de vigilance
Pour les arrêts de longue durée (au-delà de 6 mois), plusieurs points méritent attention :
- Fin du maintien employeur : au-delà de la durée de maintien conventionnel, seules les IJSS et éventuellement les indemnités de prévoyance sont versées
- Portabilité de la mutuelle : en cas de rupture du contrat, le salarié bénéficie de la portabilité pendant 12 mois
- Visite de reprise : obligatoire après un arrêt de plus de 60 jours (maladie non professionnelle) ou 30 jours (accident du travail)
- Contre-visite patronale : l’employeur peut faire contrôler l’arrêt par un médecin mandaté
FAQ : vos questions sur l’arrêt maladie et la subrogation en paie
La subrogation est-elle obligatoire pour l’employeur ?
Non, la subrogation n’est pas obligatoire en tant que telle. Cependant, elle devient automatique lorsque l’employeur maintient le salaire à un niveau au moins égal aux IJSS pendant la période d’arrêt. En pratique, dès lors que l’employeur pratique le maintien de salaire (légal ou conventionnel), il a intérêt à mettre en place la subrogation pour récupérer directement les IJSS auprès de la CPAM plutôt que de les faire transiter par le salarié. La demande de subrogation se fait via la DSN.
Comment calculer le complément employeur lorsque le salarié est en mi-temps thérapeutique ?
En cas de temps partiel thérapeutique, le salarié perçoit à la fois un salaire pour le temps travaillé et des IJSS pour le temps non travaillé. Le calcul du complément employeur s’effectue sur la base de la perte de rémunération réelle. L’employeur compare la rémunération reconstituée (ce que le salarié aurait perçu à temps complet) avec la somme du salaire à temps partiel et des IJSS, et complète la différence selon le niveau de maintien garanti.
Le plafond de la sécurité sociale est-il toujours réduit pendant un arrêt maladie ?
Non, le plafond n’est pas réduit si l’employeur maintient intégralement la rémunération. La réduction du plafond n’intervient que lorsque l’employeur verse uniquement les IJSS subrogées sans complément, ou lorsque le complément ne permet pas de reconstituer la rémunération totale habituelle. Le BOSS précise que le maintien intégral de la rémunération neutralise la réduction du plafond.
Les IJSS subrogées entrent-elles dans l’assiette du montant net social (MNS) ?
Oui, les IJSS versées par subrogation sont prises en compte dans le calcul du MNS. Elles font partie de la rémunération brute totale au sens de l’arrêté du 31 janvier 2023. En revanche, les IJSS versées directement au salarié par la CPAM (sans subrogation) sont exclues du MNS figurant sur le bulletin de paie, puisqu’elles ne transitent pas par l’employeur.
La mutuelle doit-elle être maintenue pendant tout l’arrêt maladie ?
Oui, la protection sociale complémentaire (mutuelle et prévoyance) doit être maintenue pendant toute la durée de suspension du contrat de travail pour maladie, conformément aux dispositions du BOSS. Ce maintien concerne aussi bien la part patronale que la part salariale des cotisations. L’interruption du régime pendant l’arrêt pourrait remettre en cause le caractère collectif et obligatoire du dispositif, entraînant un redressement URSSAF portant sur l’ensemble des exonérations sociales des contributions patronales.